Phần 2 nói đến cao trào hơn bao giờ hết khi Gotham tìm ra những nguồn gốc và những tiểu sử về các tên hung ác như nhóm Super Villains, The Riddler (Viên pháp y với nụ cười quái gở cùng niềm đam mê kỳ lạ với những câu đố), The Joker và Mr. Freeze. Ngoài ra, Bruce Wayne còn phát hiện ra nhiều bí mật hơn từ quá khứ của cha mình.